Quatre ans après la fin de la guerre de l'Essaim, l'empereur Acturus Mengsk a reconstruit le Dominion terran et consolidé une nouvelle unité militaire, en dépit d'une menace extraterrestre omniprésente. Au coeur de ce creuset de lutte et de frictions, une jeune femme, Nova, jouissant de capacités d'exception et de pouvoirs psychiques, présente le potentiel idéal pour devenir un agent Fantôme.